Supercomputing for Molecular Dynamics Simulations
| Autor: | Bungartz, Hans-Joachim Eckhardt, Wolfgang Heinecke, Alexander Horsch, Martin |
|---|---|
| EAN: | 9783319171470 |
| Sachgruppe: | Informatik, EDV |
| Sprache: | Englisch |
| Seitenzahl: | 88 |
| Produktart: | Kartoniert / Broschiert |
| Veröffentlichungsdatum: | 09.04.2015 |
| Untertitel: | Handling Multi-Trillion Particles in Nanofluidics |
| Schlagworte: | Fluid Modellieren (allgemein) - Modellierung Strömungslehre |
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This work presents modern implementations of relevant molecular dynamics algorithms using ls1 mardyn, a simulation program for engineering applications. The text focuses strictly on HPC-related aspects, covering implementation on HPC architectures, taking Intel Xeon and Intel Xeon Phi clusters as representatives of current platforms. The work describes distributed and shared-memory parallelization on these platforms, including load balancing, with a particular focus on the efficient implementation of the compute kernels. The text also discusses the software-architecture of the resulting code.
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