Integration von Genannotationen aus Web-Datenquellen

Die Erforschung von Krankheiten ist zunehmend durch die Analyse genetischer Aktivität geprägt. Mit Hilfe von Microarrays kann der Aktivitätsgrad mehrerer tausend Gene gleichzeitig erfasst werden. Die Analyse von Genexpressionsdaten erfordert jedoch auch die Einbindung von Expertenwissen, etwa über die Funktion von Genen. Derartige Annotationen werden von verschiedenen Einrichtungen gepflegt und sind öffentlich im Internet zugänglich. Durch die autonome Verwaltung der Quellen hat sich jedoch eine Vielzahl von Strukturen gebildet, die eine Integration erschwert. Diese Arbeit präsentiert einen Ansatz, um öffentlich zugängliche molekularbiologische Annotationen in die Analyse experimentell gewonnener Expressionsdaten einzubeziehen. Sie vergleicht verschiedene Integrationssysteme und stellt einen neuen, hybriden Integrationsansatz vor, der am Leipziger Data Warehouse für Genexpressionsdaten implementiert wurde. Der Ansatz vereinigt die Stärken einer virtuellen Verwaltung von Annotationen und einer Materialisierung der Beziehungsdaten zwischen den Quellen. Diese Arbeit richtet sich vorwiegend an Bioinformatiker, die für die Verwaltung molekularbiologischer Daten verantwortlich sind.

Christine Körner, Dipl.-Winf.: Studium der Wirtschaftsinformatik an der Universität Leipzig. Wissenschaftliche Mitarbeiterin am Fraunhofer-Institut IAIS, Sankt Augustin.