Repetitive Elemente aushochfragmentierten Sequenzdaten
| Autor: | Alexander Breit |
|---|---|
| EAN: | 9783639132564 |
| eBook Format: | |
| Sprache: | Deutsch |
| Produktart: | eBook |
| Veröffentlichungsdatum: | 26.03.2009 |
| Untertitel: | Vorhersage und experimenteller Nachweis |
| Kategorie: | |
| Schlagworte: | Alignement BLAST Bioinformatik Homologien Pristioncus pacificus Repeats Repetitive Elemente Sequenzierung Shotgun Sequenzierung Transposon |
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Inhalt dieser Arbeit ist die Evaluierung und Anwendung einer selbstentwickelten in silico Methode zur Vorhersage repetitiver Einheiten in Whole Genome Shotgun Sequenzdaten. Diese auf BLAST basierende Methode kann durch Intervallclustering und Assemblierung homologer Sequenzen Repeats wiederherstellen, die selbst länger sind als die Eingabesequenzen. Damit konnten die typisch repetitiv vorkommenden Elemente im Genom rekonstruiert werden, wie unter anderem strukturelle RNAs, Histone, Transposons und Retrotransposons aber auch Simple Repeats und tRNAs.
Geboren in Hermannstadt/Rumänien. 1990, im Alter von 13 Jahren mit den Eltern nach Stuttgart ausgewandert. Studium der Bioinformatik an der Eberhard-Karls Universität Tübingen. Diplomarbeit am Max-Planck-Institut für Entwicklungsbiologie, Tübingen.
Geboren in Hermannstadt/Rumänien. 1990, im Alter von 13 Jahren mit den Eltern nach Stuttgart ausgewandert. Studium der Bioinformatik an der Eberhard-Karls Universität Tübingen. Diplomarbeit am Max-Planck-Institut für Entwicklungsbiologie, Tübingen.
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